舞台は海と山に囲まれた都市・冬木市。
そこで行われる、ある一つの儀式。
手にした者の願いを叶えるという聖杯を実現させる為、聖杯に選ばれた七人の魔術師に、聖杯が選んだ七騎の使い魔を与える。
騎士 "セイバー"
槍兵 "ランサー"
弓兵 "アーチャー"
騎兵 "ライダー"
魔術師 "キャスター"
暗殺者 "アサシン"
狂戦士 "バーサーカー"
マスターは七つの役割を被った使い魔一人と契約し、七組は、聖杯を求め、最後の一組となるまで殺し合いを繰り広げる。
その名は「聖杯戦争」。
2015年 春、決戦―。
遠坂凛をヒロインとするシナリオ。
魔術師の名門で 遠坂家に育った凛は、亡き父への想いと共にアーチャーのサーヴァントを召喚し、聖杯戦争に参加する。しかしその矢先、彼女は同じ高校に通う衛宮士郎が戦いに巻き込まれたことに気づき、思いがけず瀕死の彼を助けてしまう。やがて彼女は、セイバーのサーヴァントを召喚した士郎と共に、聖杯戦争に仕組まれた大きな陰謀を打ち砕くべく戦うことにする。そして物語は、そんな士郎の魔術に秘められた謎と、頑なに「正義の味方」を目指そうとする彼の性質の真贋を問うものへと発展していく。